Anorektal malformasyonlu(ARM) çocuklar da kaka kaçırma ve kabızlık problemi cerrahi sonrası çok sık görülür. Her ARM’li çocukta problemin derecesine göre etkilenim oranı değişir. Kakayı tutabilme yeteneği için gereken pelvik taban kaslarının fonksiyonu, duyusal fonksiyon ve bağırsak hareketliliği çocuklarda farklılık gösterir. Pelvik taban kas kompleksi ve dış sfinkter kası denilen kakamızı tutabilmemizi sağlayan kasların genellikle az gelişmiş olması ve normal olarak işlev görememesinden dolayı bu çocuklar çok yüksek oranda kakalarını kaçırırlar. Anal atrezili çocuklardaki tüm bu konjenital problemler, özellikle yaşamın erken dönemlerinde kakasını ve bazen çişini tutamamalarına neden olabilmektedir. Eşzamanlı bir nörospinal disrafizm pelvik tabanın işlev bozukluğunu artıracaktır.
Pelvik taban kaslarımız çişimizi ve kakamızı tutmamızda ve boşaltmamızda etkili olan kaslardır. Bu yüzden bağırsaktaki ve pelvik tabandaki herhangi bir problem mesaneyide etkiler. Bunun yanında birbirine anatomik olarak mesane ve bağırsak komşudur. Bu yakın ilişkiden dolayı birindeki disfonksiyondan diğeride etkilenir. Bağırsağın sürekli kakayla dolu olması mesaneyi rahatsız etmektedir. Bir süre sonra mesaneyi sıkıştırabilir ve idrar yolu enfeksiyonlarına yol açabilir. Bunların sonucunda sık sık idrara çıkma, idrar yolu enfeksiyonu, idrar kaçırma, acil idrara çıkma hissi, mesane idrar kalması gibi mesane problemleri görülebilmektedir.